Wiesbaden è conosciuto come centro termale fin dai tempi più antichi: in epoca Romana quest'area era particolarmente nota per le cure termali con il nome di Aquae Mattiacae e nello stesso periodo fu dotata di un castello per proteggere il nodo stradale.

Nel dodicesimo secolo ebbero la meglio i duchi di Nassau che ricostruirono Wiesbaden dopo che essa venne distrutta nella guerra dei trent'anni avvenuta il secolo successivo, dopo essere divenuta una libera città imperiale; seguirono anni di saccheggi e insurrezioni che culminarono con la guerra dei contadini.

Il conflitto terminò con la sconfitta degli insorti che persero peraltro i propri privilegi, riacquistati nella seconda metà del Cinquecento. Nel Settecento l'antico castello fu residenza dei Nassau e nell'Ottocento la città fu sede del governo e capitale del ducato di Nassau.

Wiesbaden fu costretta a prendere parte alle guerre napoleoniche (in città si trova peraltro un monumento dedicato ai caduti di Waterloo) e nella seconda metà del diciannovesimo secolo passò alla Prussia.

Da qui in poi Wiesbaden cominciò il proprio sviluppo economico che si potenziò nel Novecento: agli inizi del secolo, infatti, la città costruì la stazione ferroviaria e diede avvio al consolidamento dell'apparato industriale puntando sulle industrie metalmeccaniche, elettrotecniche e tessili.

Al termine della Seconda Guerra Mondiale Wiesbaden divenne capitale dello stato federato (land) dell'Assia e sede di due importanti autorità federali.